Публикации о претензиях к IT-компаниям, которые раньше пользовались льготами Сколково, быстро породили на рынке опасный вывод: проблема якобы в самом статусе резидента Сколково. На наш взгляд, это неверная постановка вопроса.
Проблема в большинстве таких кейсов не в том, что компания не имела права на применение льготной ставки по налогу на прибыль для IT-компаний. Проблема в другом: компания начала применять IT-льготу за уже начавшийся налоговый период, не соблюдая процедурный порядок отказа от освобождения, действовавшего в рамках Сколково.
Именно это сегодня становится основой для претензий инспекции.
Если упростить, то во многих спорах логика бизнеса выглядит так:
Именно здесь возникает основной риск.
Налоговая смотрит не только на то, имела ли компания право на IT-льготу как таковую, но и на то, соблюден ли порядок перехода между налоговыми преференциями. В 2025–2026 годах эту позицию налоговых органов и консультантов рынок фиксирует все чаще: претензии связаны не с самим фактом наличия статуса Сколково, а с порядком выхода из режима и моментом начала применения IT-ставки.
Если коротко, конструкция выглядит так:
Именно здесь и возникает проблема.
Налоговая смотрит не только на то, имела ли компания право на IT-льготу как таковую, но и на то, соблюден ли порядок перехода между налоговыми преференциями. Эту логику подтверждают и профильные комментарии по письму Минфина от 20.02.2026 № 03-03-07/13087, и свежие публикации о претензиях к резидентам Сколково.
Участник проекта «Сколково» вправе отказаться от освобождения по налогу на прибыль. Но такой отказ не работает задним числом.
Пункт 5 статьи 246.1 НК РФ прямо говорит: участник проекта, который использует освобождение, вправе отказаться от него, направив уведомление в налоговый орган не позднее 1-го числа налогового периода, с которого он намерен отказаться от освобождения.
Это ключевой процедурный момент.
Именно поэтому, даже если компания одновременно:
этого недостаточно, чтобы ретроспективно заменить освобождение Сколково на льготную IT-ставку внутри уже начавшегося периода. Минфин в 2026 году прямо разъяснял, что после утраты льготы Сколково IT-компания может перейти на другие преференции, но со следующего налогового периода, если соблюдены условия режима.
На практике бизнес часто рассуждает так:
«Мы утратили право на освобождение по Сколково в течение года, но у нас уже есть аккредитация и мы выполняем условия пункта 1.15 статьи 284 НК РФ. Значит, можем за этот же год применить IT-ставку».
С точки зрения бизнеса эта логика понятна. С точки зрения налоговой — нет.
Инспекция рассматривает такую ситуацию не как обычный выбор одной из доступных льгот, а как ретроспективную смену налогового режима с нарушением установленной процедуры.
То есть проблема не в самом праве на IT-льготу. Проблема в том, что компания не отказалась от освобождения Сколково в установленный срок и пытается «переключить» режим задним числом.
На практике инспекция сопоставляет сразу несколько блоков документов и фактов:
Именно здесь становится видно, что IT-аккредитация сама по себе не устраняет процедурное нарушение.
Даже если компания действительно имела право на IT-льготу, инспекция может доначислить налог за переходный период по общей ставке, если отказ от освобождения Сколково не был оформлен своевременно. О том же пишут и профильные налоговые издания, комментируя позицию Минфина и ФНС.
Потому что на практике многие компании мыслят очень прагматично:
Но налоговая смотрит на этот переход не как на техническую корректировку, а как на налогово значимое изменение режима, у которого есть собственный порядок.
И если этот порядок не соблюден, последствия вполне материальны:
Мы рекомендуем проверить модель перехода, если у компании есть хотя бы один из следующих факторов:
Если вы уже переходили со Сколково на IT-льготу или только планируете такой переход, лучше проверить модель до камеральной проверки.
Если компания уже переходила со Сколково на IT-льготу, проверять нужно не только сам факт аккредитации или долю профильных доходов.
Нужен аудит всей модели перехода, в том числе:
Это и есть самый рискованный сценарий. Если компания пользовалась освобождением как участник Сколково, то для отказа от него нужно соблюсти порядок, установленный пунктом 5 статьи 246.1 НК РФ. Если отказ не был оформлен своевременно, применение IT-ставки за уже начавшийся период становится уязвимым. Позиция Минфина в 2026 году сводится к тому, что после утраты льготы Сколково переход на IT-преференции возможен, но не ретроспективно за уже начавшийся налоговый период.
Нет. IT-аккредитация и выполнение условий пункта 1.15 статьи 284 НК РФ — это только часть конструкции. Налоговая проверяет еще и процедурный порядок перехода между льготными режимами. Именно на этом сейчас и строятся многие претензии.
Главная ошибка — не отсутствие права на IT-льготу, а попытка применить ее задним числом за уже начавшийся налоговый период без своевременного отказа от освобождения Сколково.
Вопрос зависит от конкретной ситуации: когда именно утрачен статус, когда подано уведомление, какой налоговый период затронут, как оформлены декларации и есть ли соблюдение всех условий для IT-льготы. Именно поэтому здесь нужен не общий ответ, а проверка модели перехода.
Риски стандартные: доначисление налога на прибыль по общей ставке за переходный период, пени и штраф по пункту 1 статьи 122 НК РФ.
Не после подачи декларации и не после запроса налоговой. Лучше проводить аудит до перехода или сразу в момент перестройки налоговой модели, чтобы проверить порядок отказа от освобождения, корректность новой льготы и документы по переходному периоду. Если нужна такая проверка - оставить заявку можно здесь
Если вы сейчас оцениваете получение статуса резидента Сколково, сохранение льгот или переход на другие налоговые режимы, могут быть полезны и другие материалы ZARLAW:
Если ваша IT-компания применяла льготы Сколково в 2025 году, а с 1 января 2026 года перешла на IT-льготу, ключевой вопрос — не только «имели ли вы право на IT-ставку», но и «правильно ли вы оформили сам переход».
Именно на стыке этих двух вопросов сейчас и возникают основные претензии налоговой.
Проблема не в том, что компания была резидентом Сколково. Проблема в том, что переход между льготными режимами нельзя оформлять задним числом и нельзя сводить только к отражению новой ставки в декларации.
Если вы хотите понять, есть ли у вашей компании риски в связи с переходом со Сколково на IT-льготу, мы можем провести правовой и налоговый аудит модели перехода.
В рамках такого аудита мы проверяем:
Если тема актуальна для вашей компании, оставьте заявку — разберем модель и покажем, где находится реальный риск: оставить заявку на аудит.
